中国科学院水生生物研究所是国内唯一专门从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术机构。水生所战略定位和发展目标是面向国家在水生态环境保护、水生生物资源利用等方面的重大战略需求，开展基础性、战略性和前瞻性重大科技问题，着力重大理论创新和核心技术突破，在淡水生态环境保护、水生生物多样性形成与适应性演化机制、水生生物资源保护、鱼类基础生物学和遗传育种理论与技术、淡水渔业模式和微藻生物技术等领域继续发挥引领作用。水生所先后拥有15位中国科学院院士。全所现有在职职工343人，其中科技人员306人，中国科学院院士5人，发展中国家科学院院士3人，研究员及正高职称人员86人，副研究员及副高职称人员108人。在站博士后112人，在读研究生739人。
现拥有淡水生态与生物技术国家重点实验室（水产品种创制与高效养殖重点实验室、湖泊与流域水安全重点实验室）、国家淡水渔业工程技术研究中心、国家水生生物种质资源库等4个国家级平台，有8个省部级实验室及研究中心，4个国家及省部级野外台站等多个支撑平台，3个国家级博士后科研流动站。
